Par rapport à la première génération de la Fabia, l'intérieur s'est complètement transformé. Des unités de commandes mieux étudiées avec des fonctions ergonomiques de contrôle offrent au conducteur encore plus de confort.
On a également pu gagner davantage de place pour les passagers des sièges arrière - une plus grande aisance au niveau des jambes et, grâce à une hauteur adéquate, au niveau de la tête aussi. La surface de charge est également de proportion généreuse. Le coffre peut accueillir un volume allant jusqu'à 315 litres, et même, les sièges arrière rabattus, jusqu'à 1163 litres.
Un nouveau matériau pour les sièges et les habillages de siège donnent à l'intérieur convivialité et confort.