Comparées à celles de la première génération de la Fabia Combi, ses dimensions extérieures se sont nettement allongées. La Fabia Combi a 7 mm de plus en longueur et 46 mm en hauteur (longueur: 4239mm, largeur : 1642mm, hauteur: 1498mm).

Tout comme ses caractéristiques, tout le design de la Fabia Combi est doté d'un design inimitable. La ligne du toit et les fenêtres latérales donnent au véhicule l'impression de glisser dans le vent. Grâce à ses lignes élancées, la Fabia a une allure très dynamique.

Les phares traduisent le look typé et sympathique du véhicule. La calandre, qui s'élance légèrement vers le haut, s'inspire du design traditionnel de Škoda et donne à la voiture un air de fière assurance.

L'intérieur de la Fabia Combi a nettement changé. Le tableau de bord respecte les principes de base ergonomiques, c'est-à-dire que le poste de conduite est organisé de façon optimale et offre un maximum de confort, de sécurité et d'aisance pour le conducteur.

La partie arrière du véhicule comporte suffisamment d'espace pour les passagers des sièges arrière et un grand coffre avec des rangements. Des matériaux hauts de gamme ont été utilisés dans l'intérieur du véhicule.

Les rangements côté passager sont livrables en différentes versions, soit en version ouverte ou verrouillable, suivant la ligne d'équipement. La petite boîte verrouillable peut être utilisée comme petit réfrigérateur dans les véhicules équipés de climatisation.