Anfangs Dezember 1895 starteten der Mechaniker Václav Laurin und der Buchverkäufer Václav Klement, beide begeisterte Fahrradfahrer, mit der Fabrikation von Fahrrädern nach ihren eigenen Designvorstellungen. In der nationalistischen Atmosphäre des 19. Jahrhunderts, benannten sie diese Slavia. 1899 war Laurin & Klement der grösste Fahrradhersteller des Landes und die aufstrebende Firma begann noch im gleichen Jahr mit der Produktion von Motorrädern, die bis nach England exportiert wurden. Diese waren rasch sehr erfolgreich und fuhren sogar bei Sportanlässen einige Rennsiege ein.

1905-1918
Nach ersten Prototypen um die Jahrhundertwende begann 1905 in Mladá Boleslav die Fertigung von Automobilen. Das erste Auto von L&K, die Voiturette A, war der Beginn einer wahren Produktoffensive. 1907 bot man schon neun verschiedene Modelle an, vom kleinen V2-Zylinder PKW über einen 4-Zylinder Rennwagen bis hin zu Transportern und Omnibussen. Gleichzeitig wurde der erste Serien 8-Zylinder mit 4,9 Liter Hubraum entwickelt. Die Firmengründer wandelten das Familienunternehmen in eine Aktiengesellschaft um. Die AG wuchs zum grössten Automobilhersteller im Kaiserreich Österreich-Ungarn, die Fahrzeuge wurden in die ganze Welt exportiert. Der Hersteller aus Mladá Boleslav stellte auf den wichtigen Automobilausstellungen in Leipzig, Paris, Berlin und St. Petersburg aus. Ausserdem nutzten Laurin & Klement den Motorsport zur Steigerung der  Bekanntheit der Marke. Auf der ersten permanenten Rennstrecke in Brooklands (GB) erzielte Werksfahrer Otto Hieronimus einen Klassen-Weltrekord, feierte Erfolge beim Semmering-Rennen (A) und dem Langstreckenrennen St. Petersburg – Moskau: wichtige Grundlagen zur Steigerung des internationalen Ansehens.
1925-1938
In den 20er Jahren war die Produktion auf zahlreiche PKW- und LKW-Typen, Busse aber auch auf Flugzeugmotoren und landwirtschaftliche Maschinen angewachsen. Zur Stärkung der Marktposition fusionierte das Unternehmen 1925 mit den Škoda-Werken aus Pilsen. Fahrzeuge mit 4-, 6- und 8-Zylindern entstanden unter dem neuen, gemeinsamen Firmen-Namen Škoda. Schon 1930 wurde die Auto-Produktion im Rahmen des Škoda-Konzerns als selbständige Automobilindustrie-Aktiengesellschaft (ASAP) ausgegliedert. 1933 folgte mit der Entwicklung des Zentralrahmens für den 420-Standard ein grosser Schritt zur Weiterentwicklung im Chassisbau. Damit schufen die Ingenieure in Mladá Boleslav eine wichtige Grundlage für ein geringeres Fahrzeuggewicht und Wirtschaftlichkeit der neuen Modelle.
1934: Aufschwung durch neue Modelle
Mit den Fahrzeugtypen Popular, Rapid, Favorit und Superb schuf Škoda ab 1934 eine neue, erfolgreiche Generation von Fahrzeugen mit modernem Zentralrohrrahmen, OHV-Motoren und verfeinerter Technik. Mit dem Popular kam nicht nur ein wirtschaftliches Kompaktauto auf den Markt sondern auch neuer Schwung in die Verkäufe. Mit dem tschechischen Volks-Wagen durchbrach der Traditionshersteller erstmals die Marke von 5000 gebauten Autos einer Modellreihe.  Diese Entwicklung wurde durch den Zweiten Weltkrieg unterbrochen, der das zivile Herstellungsprogramm zum Erliegen brachte. Neben der Herstellung einzelner Waffenteile wurden unter dem Druck der deutschen Besatzung hauptsächlich verschiedene Arten von Kübelwagen, Geländewagen mit Allradantrieb sowie die schweren Schlepper RSO montiert.
1939
Durch die Besetzung der deutschen von 1939 bis 1945 wurde Škoda vollständig in die Struktur des deutschen Reichs integriert. Dies verursachte in der Firmengeschichte einen grösseren Unterbruch. Das zivile Produktionsprogramm wurde stark eingeschränkt und Škoda produzierte nur noch das Notwendigste. Bei den ersten Wahlen nach dem Zweiten Weltkrieg übernahmen die Kommunisten die Herrschaft. Die neuen Machthaber prägten mit ihrer Ideologie auch die Wirtschaft.  Noch im gleichen Jahr wurde das Unternehmen in Mladá Boleslav als AZNP Škoda (Volkseigener Betrieb) verstaatlicht.
1948
Basierend auf den traditionellen Produktionsprozessen sowie den Erfolgen in der Vergangenheit, konnte die tschechische Wirtschaft trotz der Änderungen durch die Planwirtschaft und deren Bemühungen für ein übermässig schnelles Wachstum, für mehrere Jahrzehnte einen verhältnismässig guten internationalen Standard im post-sozialistischen Zeitraum beibehalten. Mit dem Typ 1200 stellte Škoda  schon 1952 den ersten PKW mit neuartiger Ponton-Karosserie vor: ein Designmerkmal, das sich bis zum Ende der 50er Jahre europaweit durchsetzte. Mit den PKW- und Kombi-Modellen Octavia und der Cabrioletvariante Felicia sowie ihren Vorgängern hatte man ab 1955 den bis dahin meistverkauften Škoda im Programm. Mit dem Octavia TS, dessen sportlicher Motor mit Doppelvergaseranlage schon serienmässig 55 PS mobilisierte, konnten viele Erfolge bei Rallyes erzielt werden. Besonders bemerkenswert ist der sechste Platz bei der Rallye Monte-Carlo 1961 durch den jungen Finnen Esko Keinänen. Der 1959 vorgestellte Octavia blieb als Limousine bis 1964 im Programm, als Kombi sogar bis 1970.
Dem Trend der Zeit folgend, stellte Škoda die Heckmotor-Limousine 1000 MB vor. Damit verfügte der tschechische Hersteller erstmals über ein Modell mit selbsttragender Karosserie. Der Einliter-Motor war das modernste Aggregat seiner Klasse mit einem Motorblock, der im patentierten Aluminium-Druckgussverfahren hergestellt wurde. 1970 wurde mit dem 110R auch ein sportliches Modell präsentiert, das wie der Felicia im Werk Kvasiny gebaut wurde.  Daraus entwickelten die Ingenieure das Spitzenmodell 130 RS, mit dem Werksfahrer und Privatiers zahlreiche Siege erringen konnten. Bei der Rallye Monte-Carlo 1977 gelang ein bejubelter Klassensieg, in der Tourenwagen-Europameisterschaft 1981 sogar der Markentitel.  Da der fortschrittliche Basismotor mit 1 Liter Hubraum die sportlichen Gene schon in sich trug, konnte er auch als Rennmotor überzeugen. 1968 gewann der Werksfahrer Miroslav Fousek die osteuropäische Formel-3-Meisterschaft.
Eine Revolution in der Modellgeschichte war die Einführung der Modellreihe Favorit im Jahre 1987. Damit gelang in Rekordzeit die Umstellung auf das moderne Fahrzeugkonzept mit vorn eingebautem Motor, Vorderradantrieb und kompakter Karosserie mit grosser Heckklappe. Die dauerhafte Stagnation der Wirtschaft begann nach den Siebzigern und erreichte auch den in Mladá Boleslav domizilierten Automobilhersteller, trotz der führenden Position der Firma im osteuropäischen Markt. Die Produktion wuchs erst wieder, als die Produktion der Škoda Favorit Modellreihe 1987 begann.
1991
Nach der politischen Wende 1989 nahm Škoda in Mladá Boleslav unter neuen wirtschaftlichen Bedingungen die Suche nach einem starken ausländischen Partner auf, um das Unternehmen langfristig abzusichern und wieder international wettbewerbsfähig zu machen. Im Dezember 1990 entschloss sich die tschechische Regierung für eine Kooperation mit der deutschen Volkswagen Gruppe. Das Škoda-Volkswagen Gespann nahm seine Geschäftstätigkeit am 16. April 1991 unter dem Namen Škoda automobilová a.s. auf und wurde als vierte Marke neben VW, Audi und SEAT in die Volkswagen Gruppe aufgenommen. 1992 konnte AMAG Automobil- und Motoren AG als Schweizer Importeur für die Marke Škoda gewonnen werden. Von der internationalen Kooperation und neuem wirtschaftlichen Denken getragen setzten seitdem umfangreiche Modernisierungsmassnahmen in Management, Marketing, Produktentwicklung sowie in den Fertigungsabläufen ein. So konnte die Favorit/Forman  Modellreihe 1994 durch den Škoda Felicia ersetzt werden, der hinsichtlich Qualität und Styling internationalen Massstäben entsprach. Am 14. Februar 1995 erfolgte die Grundsteinlegung in Mladá Boleslav für die Produktionsstätte des zukünftigen neuen Mittelklasse-Modells Octavia.
Ende April 1996 konnte in Mladá Boleslav die Herstellung des einmillionsten Škoda-Fahrzeugs seit dem fünfjährigen Bestehen des Gemeinschaftsunternehmens gefeiert werden. Gleichzeitig erfolgte mit dem neuen Škoda Octavia die Etablierung einer zweiten Modell-Linie und der Aufbau einer dafür notwendigen, nach modernsten Gesichtspunkten gestalteten Montagehalle (modulare Fabrik). 1998 produzierte Škoda zum ersten Mal pro Jahr über 400’000 Fahrzeuge, die in 70 Länder weltweit exportiert wurden. Dazu trug besonders das Erfolgsmodell Octavia bei, das 1998 um eine Kombiversion und 1999 um einen 4x4 ergänzt wurde. Škoda investierte in ein neues Forschungs- und Entwicklungszentrum und baute ein modernes Ersatzteilelager. Weitere Investitionen in ein Motorenwerk und ein Kundenzentrum folgten. Mit dem neuen Fabia bewies die Marke Škoda im Jahr 2000 erneut, dass sie qualitativ hochwertige, technisch anspruchsvolle und im ansprechenden Design gestaltete Fahrzeuge baut. Der Fabia wurde prompt mit dem Goldenen Lenkrad ausgezeichnet.
2008
2008: Drei Baureihen, ein neuer Superb und viele Auszeichnungen
Im März 2008 hatte der neue Škoda Superb auf dem Automobilsalon in Genf Premiere. Damit wird die Traditionsgeschichte der Baureihe, die der tschechische Hersteller 1934 einführte, um ein neues Kapitel erweitert. Der im Jahr zuvor präsentierte neue Škoda Fabia knüpft an die Erfolge seines Vorgängers an. Er gewinnt das Goldene Lenkrad und die Leserwahl von auto, motor und sport sowie mehrere weitere Auszeichnungen und Vergleichstests in wichtigen Autozeitschriften. Ausserdem bereichert seit 2006 das pfiffige Raumwunder Škoda Roomster als vierte Baureihe die Modellpalette. Abgerundet wird das Angebot durch das leichte Nutzfahrzeug Praktik.
2009
2009: die fünfte Baureihe
Im März 2009 feierte der neue Škoda Yeti auf dem Automobilsalon in Genf Weltpremiere. Damit kommt die 5. Baureihe von Škoda auf den Markt. Ein kompakter SUV mit dem typischen Škoda Erscheinungsbild. Ende September steht er bei den Škoda Partnern zur Probefahrt bereit. International ist die Marke, die zu den ältesten noch produzierenden Autoherstellern der Welt gehört, in 100 Ländern der Erde vertreten. Weltweit beschäftigt Škoda Auto rund 29’000 Mitarbeiter, unterhält Produktionsstätten in Tschechien, der Ukraine, in Kasachstan, Russland,  Bosnien-Herzegowina, Indien sowie in China. In der Schweiz haben sich die Verkaufszahlen seit 2005 verdoppelt und Škoda beansprucht einen Marktanteil von 4 %. Der Automobilmarkt ist hart umkämpft und Škoda erfreut sich zunehmender Beliebtheit mit qualitativ hochstehenden Produkten.