Mit dem Škoda Octavia WRC, der 1999 vorgestellt wurde, landete das Werk zum ersten Mal auf den vorderen Plätzen an der FIA World Rally Championship (WRC). Der Octavia WRC erzielte den grössten Erfolg an der härtesten Langstrecken-Rallye der Welt, der Safari Rally in Kenia: Der deutsche Werksfahrer Armin Schwarz belegte im Jahr 2001 mit seinem Beifahrer Manfred Hiemer den hervorragenden dritten Platz.